[[File:North Borneo Dispute territory.PNG|thumb|left|200px|

Ketika era pemerintahan Sulu, wilayah Kesultanan Sulu di Sabah hanya merangkumi bahagian timur Sabah, ianya tidak merangkumi bahagian pantai barat seperti yang banyak dikatakan pada media masa kini.[3] Kawasan tersebut diberikan oleh Kesultanan Brunei kepada Kesultanan Sulu kerana waktu itu Sultan Sulu ialah anak kepada Sultan Brunei ke-9 iaitu Sultan Muhammad Hasan iaitu anaknya bernama Sultan Muwalil Wasit 1@Pangeran Raja Bongsu .[4] Namun, apabila Sepanyol mula menguasai seluruh Filipina, seluruh kawasan termasuk kawasan di bawah pemerintahan Sulu (tidak termasuk Borneo Utara) diserahkan kepada Sepanyol. Apabila British bertapak di Borneo Utara, maka terbentuklah sebuah protokol yang dinamakan Protokol Madrid 1885. Protokol ini adalah bagi mengiktiraf pendudukan Sepanyol di keseluruhan kepulauan Filipina dan menjatuhkan segala tuntutannya pada Borneo Utara (sekarang dikenali sebagai Sabah).

Pencerobohan

Pada 11 Februari 2013, berlaku satu pencerobohan di bahagian timur Sabah yang didalangi oleh pengikut salah satu waris palsu iaitu Self-proclaimed Kesultanan Sulu, iaitu Jamalul Kiram III. Kedatangan mereka kononnya adalah bagi menuntut pengiktirafan kedaulatan ke atas Sabah dan hak untuk selama-lamanya tinggal di Sabah.[5] Perlakuan ini telah ditentang sekeras-kerasnya oleh kerajaan Filipina dan juga Presiden Filipina, Benigno Aquino III.[6]